Organisasi otonom Muhammadiyah adalah organisasi yang di bawah naungan
dan arahan Persyarikatan Muhammadiyah yang diberi hak, kewajiban, dan
wewenang untuk mengatur rumah tangga sendiri. Diantaranya yaitu Aisyiyah, Hizbul Wathan, Nasyiatul ‘Aisyiyah, Pemuda Muhammadiyah, Ikatan Pelajar Muhammadiyah, Tapak Suci Muhammadiyah, Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah yang bertujuan :
Meningkatkan iman dan taqwa kepada Allah Subhanahu Wa ta'ala.
Memperdalam ilmu, memperluas pengetahuan dan meningkatan kecerdasan serta mengamatkan sesuai dengan ajaran Islam.
Memperdalam dan meningkatkan pemahaman Agama Islam.