Organisasi otonom Muhammadiyah adalah organisasi yang di bawah naungan dan arahan Persyarikatan Muhammadiyah yang diberi hak, kewajiban, dan wewenang untuk mengatur rumah tangga sendiri. Organisasi ini bertugas untuk membina anggota Persyarikatan tertentu dalam rangka mencapai tujuan Muhammadiyah. Beberapa contoh organisasi otonom (ortom) ini adalah; ’Aisyiyah, Pemuda Muhammadiyah, Nasyiyatul ’Aisyiyah/NA, Ikatan Pelajar Muhammadiyah/IPM, Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah/IMM, Tapak Suci Putra Muhammadiyah, dan Hizbul Wathan.
Aisyiyah merupakan organisasi otonom bagi wanita Muhammadiyah yang dibentuk oleh Siti Walidah atau yang biasa dikenal dengan Nyai Ahmad Dahlan bersama dengan suaminya, Kiai Haji Ahmad Dahlan. Aisyiyah didirikan pada tanggal 19 Mei 1917 (27 Rajab 1335 H) di Yogyakarta. Organisasi ini terbentuk di waktu yang bersamaan dengan peristiwa Isra Mi'raj Nabi Muhammad SAW pada tanggal 27 Rajab 1335 H. Tujuan dibentuknya organisasi ini yaitu sebagai wadah pergerakan bagi kaum wanita Muhammadiyah.