1. Heat stress menyebabkan gangguan hormonal, meningkatkan kadar adrenocorticotropic hormone (ACTH) dari hipofisis, sehingga meningkatkan glukokortikoid dan kortikosteron, yang berlanjut terhadap penurunan kadar vitamin C dan sistem kekebalan tubuh, yang berakibat ayam mudah terinfeksi Escherichia coli (Kolibasilosis). Heat stress juga menekan Thyroid Releazing Hormone (TRH) dari hipotalamus, sehingga menghambat sekresi Thyroid Stimulating Hormone (TSH) dari hipofisis, akibatnya terjadi penghambatan sekresi hormone thyroxin yang berefek pada penghambatan pertumbuhan. Penurunan kadar CO2 dalam darah ayam penderita heat stress, menyebabkan darah bersifat alkalosis, kondisi ini mengurangi kapasitas pengikatan oksigen oleh darah (oksihemoglobin), sehingga mengganggu proses metabolisme. Dampak selanjutnya adalah terjadi penurunan nilai biologis protein dan retensi nitrogen, yang berdampak pada rendahnya pertumbuhan dan produktivitas.
2. Ayam bersifat homeotermik, yaitu kemampuan mendisipasi panas menurun saat temperatur lingkungan meningkat. Dalam rangka hemeostatis, terdapat 5 mekanisme tubuh ayam untuk melepaskan panas tubuh yang berlebihan, yaitu (1) Radiasi panas dari ayam ke lingkungan terjadi akibat perbedaan temperatur permukaan tubuh dan temperatur udara sekitarnya. (2) Konveksi terjadi melalui aliran udara dari jengger, pial, wajah, kaki, jari-jari, leher, tubuh dan sayap. (3) Konduksi terjadi dengan menyalurkan panas dari tubuh ke permukaan benda , misalnya litter, lantai atau dinding kandang. (4) Evaporasi (penguapan): perpindahan panas karena adanya penguapan dari bagian tubuh ayam. (5) Faecal Excreta (buang panas melalui kotoran): perpindahan panas melalui kotoran yang lebih basah karena banyak minum. Evaporasi dan Faecal Excretas sangat penting bertanggung jawab atas kejadian dehidrasi pada ayam penderita heat stress.
3. Kadar amonia yang tinggi memiliki efek buruk terutama pada rongga hidung dan mata ayam yang terkena dampak karena alkalinitas gas yang bersifat korosif. Pada mata ayam dapat menyebabkan keratitis (peradangan pada kornea) dan konjuntivitis akibat kadar amonia yang tinggi dapat menyebabkan kebutaan. Selain itu apabila gas terhirup ayam akan menyebabkan silia di sel-sel epitel saluran pernafasan paralisis, rusak atau tidak berfungsi untuk menghalau benda asing atau mikroba. Akibatnya mikroba dapat mencapai paru-paru dan menyebabkan radang dan gangguan pernafasan. Selain itu kadar amonia yang tinggi juga dapat menyebabkan luka-luka pada selaput lendir pernafasan yang akibatnya mudah terinfeksi oleh bakteri yang menyerang saluran pernafasan.